Bảo tàng gồm 5 tầng, mỗi tầng trưng bày một sản vật của Phú Quốc. Tầng 1 trưng bày, giới thiệu điều kiện tự nhiên huyện đảo Phú Quốc. Tầng 2 giới thiệu lịch sử khai phá và quá trình phát triển đảo. Tầng 3 sưu tập khảo cổ, hiện vật sưu tầm tại đảo. Tầng 4 được trưng bày mô hình tàu đắm, giới thiệu cổ vật được vớt lên từ tàu đắm ở phía đông đảo. Tầng 5 giới thiệu cuộc sống đời thường cư dân trên đảo. ngoài trong bảo tàng, còn có không gian trưng bày ngoài trời. Lên tầng cao nhất của bảo tàng, chúng ta có thể ngắm tầm mắt nhìn toàn bộ quang cảnh của Phú Quốc từ rừng đến biển rồi đến nhà cửa của người dân nơi đây... Hiện vật ở đây chủ yếu là các cổ vật : gỗ hóa thạch, đá, đồng, gốm , bàn ghế và tác phẩm nghệ thuật chế tác từ gỗ lụa; công cụ ngành nghề truyền thống địa phương, đồ dùng sinh hoạt gia đình nông thôn qua các thời kỳ; xương một số động vật quý hiếm, các tác phẩm tranh nghệ thuật được trưng bày trong bảo tàng, giới thiệu cho tất cả các khách du lịch trong và ngoài nước biết đến lịch sử dân tộc, cuộc sống dân biển và thêm hiểu biết về những cổ vật...